FFmpeg が直接 avi と wav をつなげる事ができるとわかり、Lists/Converter.txt の設定の仕方を次のように変更しました。 「"%input%"」 となっていたのを 「"%input1%"」 「"%input2%"」 と入力に二つのパラメータを設定するようにしました。 Movie を再変換する時の FFmpeg の設定を Lists フォルダの Converter.txt で変更できるようにしました。 Video For Windows を使って変換しているので Vista で動作できるかわかりません。